Seit 1975 besteht eine Vereinbarung – seinerzeit zwischen dem Arbeitskreis Gesetzliche Krankenversicherung Osnabrück, den damaligen Städtischen Kliniken und dem Kinderhospital geschlossen – über die Versorgung urologisch erkrankter Kinder im Kinderhospital.
Seit 1995 besteht eine Kooperationsvereinbarung über die Verbesserung der Versorgung Neugeborener durch Verlegung zunächst eines Teils der Intensiv- und Frühgeborenenstation des Kinderhospitals in die Räume vom Klinikum Osnabrück. Die komplette Station zog 1999 in speziell freigestellte Räume um.
Im Dezember 2000 wurde vom Kinderhospital-Verein zu Osnabrück und dem Bischöflichen Stuhl zu Osnabrück als Träger des Marienhospitals die „Kinderklinik Osnabrück, kinder- und jugendmedizinisches Zentrum Osnabrück – Management GmbH“ gegründet mit dem Ziel, die Versorgung der Bevölkerung im Bereich der Kinder- und Jugendmedizin zu verbessern, die Qualität der Leistungen in den Kinderkliniken zu sichern und zu steigern sowie die Aktivitäten beider Träger zu bündeln und zusammen zu führen.
Inzwischen sind sich der Kinderhospitalverein Osnabrück und die Marienhospital-GmbH einig, die Kinderabteilungen beider Häuser auch räumlich zusammenzuführen. Der erklärte Wille ist es, eine gemeinsame, neue Kinderklinik an der Johannisfreiheit zu errichten. Diese neue Kinderklinik wird "Christliches Kinderhospital Osnabrück" heißen und eine eigenständige Einheit bilden. Die räumliche Nähe zum Marienhospital Osnabrück soll für eine gute Zusammenarbeit mit allen anderen Fachgebieten sorgen. Die Neugeborenen-Intensivstation im Klinikum Osnabrück am Standort Finkenhügel wird als organisatorischer Teil der neuen Kinderklinik bestehen bleiben und wie bisher alle Neugeborenen des Klinikums und der kooperierenden Geburtskliniken betreuen.
Das Christliche Kinderhospital Osnabrück wird die zweitgrößte niedersächsische Kinderklinik sein und als Zentrum die pädiatrische Versorgung der Region Osnabrück sicherstellen. Zum Zeitpunkt dieser Veröffentlichung sind die Verträge unterzeichnet und damit der Träger "Christliches Kinderhospital Osnabrück GmbH" für das neu zu errichtende Kinderkrankenhaus-Gebäude gegründet.
Seit den 50er Jahren besteht eine Kooperation über die Versorgung von HNO-Patienten – zunächst als Belegabteilung mit Herrn Dr. Dörflein –, dann im Rahmen eines Konsildienstes mit Herrn Dr. Korves und seit 2001 mit Frau Dr. Zimmer.
Im Rahmen der Ausbildung der im Krankenhaus tätigen Berufsgruppen sind Vereinbarungen und Kooperationen mit diversen Einrichtungen getroffen. Beispielhaft sind hier genannt das Marienhospital Osnabrück, Diakonie Klinikum Osnabrücker Land, AMEOS-Klinikum Osnabrück, Christliches Krankenhaus Quakenbrück, Fachhochschule Osnabrück, Universitätsklinik Münster, Institut für Qualifizierung und Qualitätssicherung in der Kinder- und Jugendpsychiatrie, Weiterbildungsstudiengänge Psychotherapie der Universität Osnabrück und das Schulungszentrum am Ludmillenstift in Meppen.
